Territori i Alpeve shquhet për shumëllojshmëri biologjike e peizazhet mahnitëse, falë pozicionit gjeografik, kushteve gjeologjike, pedologjike, hidrologjike, si dhe karakteristikave të relievit e të klimës. Relievi i thyer në mënyrë vertikale, por edhe pllajat e rrafshnaltat si pjesë e këtij relieve, e bëjnë alpet e Shqipërisë të jenë unike në llojin e vet dhe ofron kushte për ekzistencën e ruajtjen e një numri të madh llojesh bimore dhe shtazore.

Habitatet në zonën e parkut mundësojnë ekzistencën e komuniteteve të ndryshëm të florës dhe faunës. Habitate të ndryshme strehojnë lloje të ndryshme bimore. Studimet e bëra kanë identifikuar rreth 31 tipe habitatesh brënda PKN, ku 5 prej të cilëve janë habitate prioritare, të cilët kërkojnë masa specifike mbrojtëse.

Këta habitate janë:

  1. Shkorreta me Pinus mugo dhe Rhododendron hirsutum (Mugo-Rhododendretum hirsutum)
  2. Kullota me prani të lartë të Nardus stricta në substrate silicore tëzonave malore;
  3. Moçalishte me ngritje aktive;
  4. Sipërfaqe shkëmbore të sheshta dhe
  5. Pyje të aleancës Tilio-Acerion të shpateve shkëmbore, çakëllishteve dhe luginave të thata.

Hidrologjia e Alpeve të Shqipërisë ka karakteristika origjinale. Ato dallohen nga zhvillime prej lartësivë në ultësirë të rrjetit hidrografik të përfaqësuar nga baseni ujor i Liqenit të Shkodrës, Drinit, Bunës, Vermoshit, Kirit, Shalës, Lumit të Valbonës, si dhe lumenj të tjerë të vegjël. Lumenjtë e zonës derdhen në Detin Adriatik. Në hidrografinë e Alpeve bëjnë pjesë gjithashtu 33 liqene me origjinë akullnajore. Grupi më i madh i liqeneve, 15 sosh, shtrihet në territorin magmatik të Dobërdol-Sylbicës, ku më të mëdhenjtë janë Liqeni i Madh, Liqeni i Dashit, Liqeni i Sylbicës, kurse në territorin gëlqeror të Jezercës gjenden vetëm pesë liqene. Gjithashtu ka liqene të vegjël si Liqeni i Bogës, në Shkrel, etj.

Mbulesa bimore: Nga këndvështrimi i vegjetacionit, territori i Alpeve Shqiptare, vertikalisht përbëhet nga tri zona të vegjetacionit pyjor. Ato e kanë origjinën nga rajoni submesdhetar-alpin, duke filluar me brezin e dushqeve 250-700 (800) m (Quercetum montanum) e pyjeve të përziera të Mëllezës, Frashërit të zi (Orno Ostryetum carpinifoliae). Brezi i pyjeve halorë gërshetohet me atë të Ahut, duke formuar habitate të rëndësishme për florën faunën e PKN me lloje të rëndësishme si Pisha e zezë (Pinus nigra), e cila ka një areal tepër të kufizuar dhe rritet në Nikç, Vukël, Vermosh, Kukaj. Kati i kullotave alpine, shtrihet në lartësitë mbi 2000m dhe dominohet nga shoqërime bimore të shqopishteve, boronica (Vaccinium myrtillus), brukentale gjethespicë (Bruckenthalia spiculifolia).