Alpet Shqiptare kanë një spektër të gjerë të biodiversitetit unik në Europë.Pjesa më e madhe e destinacioneve turistike të Alpeve Shqiptare përbëhen nga zona të mbrojtura.

Tre zonat e mbrojtura në destinacionin e ri të Alpeve Shqiptare janë:

Parku Kombëtar Alpet Shqiptare, Parku Natyror Bashkiak i Nikaj-Mërturit dhe i Shkrelit të cilët përbejnë “zemrën e gjelbërt” të këtij rajoni të ri turizmi. 115,245 ha zona të mbrojtura e kthejnë këtë destinacion në një burim biodiversiteti të florës dhe faunës dhe shfaqin agrobiodiversitetin e ruajtur.

Flora që rritet në Alpet Shqiptare përbën 43% të florës totale të vendit. Alpet përmbajnë rreth 1500 specie bimore, duke përfshirë 100 lloje bimësh medicinale, një numër të madh të relikteve dhe llojeve bimore sub-endemike, si dhe 70 specie të rralla që duket se janë në rrezik të zhduken. Për shkak të lartësisë së zonës mbi nivelin e detit, si dhe mikroklimës, pemët frutore rriten në përgjithësi pa kimikate ose pleh kimik, që do të thotë se frutat prodhohen me cilësi të lartë organike, duke ndihmuar në mbrojten e farave kundër erozionit gjenetik. Gjenden rreth 40 lloje amfibësh dhe zvarranikësh dhe 135 lloje zogjsh. (the bearded vulture, griffon vulture, hazel grouse and Ëestern capercaillie). Lumenjtë kryesorë janë Valbona, Shala, Cemil dhe Kiri, të cilat kanë një regjim tipik alpin.